muCommander to darmowy menadżer plików wzorowany na takich aplikacjach jak Total Commander czy Norton Commander. Oprócz podstawowych funkcji związanych z plikami na komputerze użytkownika, tj: kopiowanie, przenoszenie i usuwanie pozwala również na tworzenie archiwów ZIP (w locie), RAR, TAR, GZip, BZip2, ISO, NRG, Ar, Deb oraz LST. Dzięki niemu użytkownik może pracować również z obrazami płyt w formatach ISO i NRG tak jakby były normalnymi folderami. muCommander radzi sobie również z połączeniami FTP, sFTP oraz HTTP.